（敬称略）
| 開催日 | 大会長 | 所 属 | 開催地 | |
| 第1回 | H17年10月15日 | 加藤 治文 | 東京医科大学 外科学第一講座 | 東京 |
| 第2回 |
H18年7月18日 -19日 |
加藤 治文 | 東京医科大学 外科学第一講座 | 東京 |
| 第3回 | H19年4月28日 | 工藤 翔二 | 日本医科大学 第4内科 | 東京 |
| 第4回 | H20年5月10日 | 西尾 和人 | 近畿大学医学部 ゲノム生物学教室 | 大阪 |
| 第5回 | H21年5月9日 | 橘 政昭 | 東京医科大学 泌尿器科 | 東京 |
| 第6回 |
H22年7月26日 -27日 |
山田 哲司 | 国立がん研究センター研究所 腫瘍プロテオミクスプロジェクト | 東京 |
| 第7回 | H23年5月9日-10日 | 中村 和行 | 山口大学大学院医学系研究科 | 宇部 |
| 第8回 | H24年5月12日 | 中村 治彦 | 聖マリアンナ医科大学 呼吸器外科 | 東京 |
| 第9回 | H25年6月29日 | 中川 和彦 | 近畿大学医学部 腫瘍内科 | 京都 |
| 第10回 | H26年5月10日 | 弦間 昭彦 | 日本医科大学 呼吸器内科 | 東京 |
| 第11回 | H27年5月23日 | 近藤 格 | 国立がん研究センター研究所 希少がん研究分野 | 東京 |
| 第12回 | H28年5月21日 | 藤本純一郎 | 国立成育医療センター 臨床研究センター | 東京 |
| 第13回 | H29年5月13日 | 黒田 雅彦 | 東京医科大学 基礎医学系分子病理学分野 | 東京 |
| 第14回 | H30年5月12日 | 川村 猛 | 東京大学アイソトープセンタープロテオミクス研究室 | 東京 |
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第15回 |
R元年5月11日 | 加藤 智啓 | 聖マリアンナ医科大学 生化学講座 疾患プロテオーム・分子病態治療学 |
東京 |
| R2年12月12日 | 津本 浩平 | 東京大学大学院工学系研究科バイオエンジニアリング専攻 医科学研究所 |
Web開催 |
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| R3年5月29日 | 田中 博 | 東京医科歯科大学 総合教育機構 イノベーション人材育成部門 |
Web開催 |
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第18回 |
R4年6月11日 | 佐治 久 | 聖マリアンナ医科大学 呼吸器外科 |
東京/ Web |
| R5年5月27日 | 臼田 実男 | 日本医科大学大学院医学研究科呼吸器外科学分野 |
東京 |
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| R6年6月26日-28日 | 野口 玲 | 国立がん研究センター研究所 希少がん研究分野 |
青森 |
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